Christoph Stöcker studierte Kirchenmusik und Dirigieren u.a. in seiner Geburtsstadt Würzburg. Während des Studiums arbeitete er bereits als Solorepetitor am Mecklenburgischen Staatstheater Schwerin. Nach einem Engagement als Solorepetitor an den Städtischen Bühnen Münster, wo er verschiedene Opern, Operetten und Musicals dirigierte, kam er 2002 als Solorepetitor an die Hamburgische Staatsoper. Verschiedene Gastverpflichtungen führten ihn außerdem nach Rom, Verona, Enschede in den Niederlanden, an das historische Goethe-Theater in Bad Lauchstadt sowie zu den Festspielen in Potsdam-Sanssouci, den Herrenhauser Festspielen und zum Kissinger Sommer. Im Februar 2004 leitete er eine Produktion von Gerd Kührs Oper „Stallerhof“ im Forum der Hochschule für Musik und Theater in Hamburg, an der er auch als Dozent tätig ist. Seit 2006 ist er musikalischer Assistent von Christian Thielemann bei den Bayreuther Festspielen. Seit der Saison 2009/10 ist Christoph Stöcker an der Deutschen Oper am Rhein als musikalischer Leiter des Opernstudios engagiert.